1962年。
キングコングと戦い、熱海の海へと沈んだ大怪獣ゴジラ。
その3年後に開業した「熱海ベイリゾート後楽園」では、
政府の密命を受けた研究者によってゴジラの生態調査が行なわれていた。
その調査は30年前に打ち切られたが、研究者であるあなたは
「海水温に異常な上昇がみられる」という報告を受け、熱海へと向かう。
新たに発見された当時の調査資料を読み解き、ゴジラの痕跡を調べるにつれ、
あなたはゴジラ出現の不穏な兆しを強く感じていく。
そしてその予感は、やがて熱海全土を巻き込む壮絶な戦いに発展していくのだった。
海に巻き起こる異変。
ホテルのどこかに忘れ去られた研究室。
そして今は亡き博士が残した謎の資料。
ゴジラの出現はもはや避けられないのか……。
果たしてあなたはゴジラから熱海を、いや、日本を守り抜くことができるのか!?