列車には爆弾が仕掛けられており、終着駅に到着するまでに解除しないと爆発する。
到着まであと一時間。
しかし、列車に仕掛けられた謎を解き明かさないと、爆弾を解除することは出来ない！
さああなたは、偶然乗り合わせた名探偵コナンとともに、この謎を解き明かすことができるだろうか??

2つの殺害現場に残されていたのは謎のチョコレート。
それは、被害者が残したダイイングメッセージか。それとも、犯人の残した暗号か。
そして、忍び寄る第3の事件・・・。
食い違う証言から真相を紐解く「聞き込み編」
密室で起きた殺人事件のトリックを暴く「現場検証編」
家宅捜査に入った敵アジトに仕掛けられた爆弾を解除する「脱出編」
それぞれの捜査で手に入れた情報や証拠を元に連続殺人犯の正体を突き止めろ。

巷で話題のリアル脱出ゲームという謎解きイベントで活躍しているアナタは、安室から候補者としての推薦を受ける。
最終試験が始まろうとしたその時、 何者かによって試験会場がジャックされてしまう。
試験用に準備された模擬爆弾は本物にすり替わり、カウントダウンを始める。
この試験をクリアしなければ、本当に爆弾が爆発してしまう！
残された時間はあとわずか。

求められるスキルは３つ。
些細な違和感を見抜く、洞察力。
限られた情報から正解を導く、推理力。
そして、公安にとって最も重要なある能力。

アナタの実力が今、試される。

月下の奇術師の狙いは、美術船(クルージングミュージアム)『Seven Oceans』に残された暗号を解き明かした者だけが目にすることができる宝石『”紺青の拳”の恋人』。
しかし、船には阿笠博士の開発したハイテクセキュリティだけでなく、
“世界最強の防犯システム”京極真が警備として乗船。さらには、怪盗キッドの好敵手コナンが計画を阻止すべく立ちふさがる。

「頼れるのは、あなた達のその知識と聡明な頭脳だけのようですね…」

怪盗キッドから次々と下される指令を遂行し、コナンを出し抜いて、隠された秘宝のありかを突き止めることができるのか？
そして、明らかになる『”紺青の拳”の恋人』の秘密とは…様々な思惑が渦巻くミステリークルーズが今、出航する…！

そして、明らかになる”紺青の拳”と同じ石から作られたもう一つの宝石の秘密とは…

様々な思惑が渦巻くミステリークルーズが今、出航する…！

日本に潜入中のFBI捜査官にも召集がかかり、捜査会議が始まった。
しかし、そこで告げられた衝撃の事実。

『容疑者の名は、赤井秀一。FBIの威信にかけて彼を見つけ出せ…！』

赤井秀一逮捕のために動き出すFBI捜査本部に対し、コナンとジョディは赤井の無実を信じて独自に捜査を進める。

しかし捜査上に浮かび上がる手がかりは、赤井秀一の関与を示す物ばかり。
解決の糸口が見えぬまま爆破時刻までのカウントダウンが進む。

コナンと赤井、2つの『銀の弾丸』と共に事件の真相を解き明かし、爆弾を止めることはできるのか？ 誰も経験したことのない広域捜査が今、始まる…！

それは、人里離れた山奥の結婚式場で起きた。
新郎の友人のワイングラスに、なんと毒が入れられていたのだ。

会場にいた全員が容疑者だ。

人々が疑心暗鬼に陥る中、第二の事件、第三の事件が起こる…。

あなたはこの結婚式会場にいた目撃者であり、容疑者の1人だ。
自分にかけられた容疑を晴らすため、真犯人を見つけ出さなくてはならない。

事件はあなたの目の前でリアルタイムに起きていく。
犯人が仕掛けた罠に惑わされずに、真実を見抜くことはできるか…？！

高木刑事の話を聞いて、犯人を推理するコナンと安室。
そして、現場に居合わせた容疑者のひとりとして事件に挑むあなた。
２つの視点で進む物語の結末は… やがて思いもよらない形で繋がっていく。

招待客の中には阿笠博士、同行したコナンと灰原の姿も。

実験は順調に進んでいたように見えたが、突如館内に警報音が鳴り響く。

施設内の立入禁止エリアに侵入者が現れたようだ。

駆けつけた職員たちが目にしたのは、実験中に姿を消した灰原だった。

「私…ここで…何してるの？」

彼女は記憶を失い、なぜそこにいるのか思い出せないようだ…。

しかし灰原がいたサーバールームからは、何者かによって重要な研究データが盗み出されていた。疑いの目は、実験に参加していたあなたにも向けられる。

灰原はなぜ、サーバールームに入ったのか…。
彼女が記憶を失った理由は…。そして、消えたデータの行方は…。

事件を解き明かす鍵は、失われた灰原の記憶と現場に残された“音”だけ。
しかし、その音声データは犯人が仕掛けた偽りの“音”だらけ。

あなたは嘘にまみれた“音”に隠された真実を聞き分け、事件を解決へと導くことができるだろうか？